De Galapagos-eilanden bezoek je best met een klein cruiseschip. Bijna alle schepen nemen maximaal 16 passagiers mee. Je eet en slaapt gedurende de cruise aan boord van het schip en doorgaans wordt er ’s nachts gevaren. Zo bereik je ook de meer afgelegen eilanden. Alle schepen hebben permanent 1 of meer professionele Engelstalige gidsen boord.
Overdag worden minstens twee sites bezocht. Je staat vroeg op, ontbijt aan boord en gaat dan aan wal waar je door de gids wordt rondgeleid. ‘ s Middags ga je terug aan boord om te middagmalen. Het schip vaart naar de volgende site waar je weer aan wal gaat voor een volgend bezoek. Soms wordt er gezwommen, gesnorkeld of gekajakt, steeds volgens het programma.
Slechts een 80-tal schepen hebben toestemming om bezoekers van de Galapagos-eilanden rond te varen. Hun vergunning wordt ieder jaar herbekeken.