Deze vulkanische eilanden zijn in de loop van de geschiedenis nooit met het vasteland verbonden geweest. Toch zijn dieren en planten op verschillende manieren naar hier kunnen migreren. Door zich aan te passen aan de lokale omstandigheden, evolueerden ze verschillend van hun continentale voorouders.

Veel dieren en planten op Galapagos zijn dus uniek: een vierde der strandvissen, de helft van de flora en bijna alle reptielen worden nergens anders ter wereld aangetroffen. In veel gevallen zijn er ook verschillende dier- en plantensoorten op de verschillende eilanden.

Omdat er nooit grote zoogdieren aan land kwamen, waren de reptielen dominant. De eilanden waren onbewoond tot 1535: de dieren hebben vandaag nog steeds zeer weinig instinctieve angst van de mens.

Om deze toestand voor de toekomst te vrijwaren gelden er tal van regels op de Galapagoseilanden: het aantal toeristen is beperkt, het aantal boten (van 8 tot 100 passagiers) die de eilanden mogen aandoen is beperkt tot 83 en het bezoek aan de eilanden kan alleen met erkende lokale gidsen en volgens bepaalde procedures.